La qualità dell’acqua del CER, pur proveniente dal Po, non risente dei noti problemi che da tempo affliggono il più grande fiume d’Italia, grazie a una serie di circostanze ed effetti favorevoli quali:

• l’azione fitodepurante esercitata dal Cavo Napoleonico, con la sua enorme sezione e la sua vegetazione di ripa;
• l’isolamento idraulico – rispetto al territorio attraversato – del CER, progettato in modo da non poter ricevere in nessun punto acque di scolo o effluenti potenzialmente inquinati;
• il contatto continuo con l’atmosfera e le basse velocità mantenute dall’acqua lungo tutto il percorso del Canale

La risorsa CER è un’acqua “grezza”, che può essere utilizzata così com’è per gli usi agricoli, e che può essere resa idonea agli usi produttivi e anche al consumo umano con trattamenti non particolarmente spinti.
La qualità delle acque del CER è monitorata da oltre dieci anni attraverso un laboratorio chimico interno.

I risultati delle analisi (medie poliennali) consentono di collocare TUTTI i parametri significativi della risorsa CER all’interno dei valori guida internazionali per l'uso irriguo secondo criteri di igiene, di sicurezza degli alimenti e degli operatori e della salvaguardia dei suoli e delle acque freatiche e superficiali. La maggior parte di questi parametri rientra inoltre nella categoria A1 (la più pregiata) della classificazione di legge regolante le acque destinate alla produzione di acqua potabile (DPR 3 luglio 1982, n. 515). La qualità complessiva della risorsa CER è in linea generale superiore non solo a quella delle acque superficiali dei territori attraversati (fiumi e torrenti appenninici), ma anche a quella della maggior parte delle acque sotterranee.

Per avere i referti  delle analisi delle acque dei tratti dell'asta del Canale Emiliano Romagnolo è necessario iscriversi al servizio dalla pagina "Area Riservata" I dati di ogni anno sono disponibili a partire dalla data della prima analisi, secondo l'agenda dei prelievi; saranno forniti in formato.pdf ed inviati per posta elettronica ai soli  utenti autorizzati.

“In seguito all’inquinamento da idrocarburi verificatosi nel fiume Lambro nel febbraio 2010, il CER ha eseguito un campionamento delle acque e dei sedimenti superficiali in prossimità dell’opera di presa per valutare il rischio di inquinamento del Cavo Napoleonico e dell’asta del Canale. I risultati delle analisi, (scarica), sono rassicuranti per l’utenza irrigua ed  extra irrigua: la qualità delle acque del CER non è stata toccata dall’evento catastrofico. Il sistema di monitoraggio ed analisi delle acque del CER resterà comunque allertato ed ulteriori analisi verranno effettuate ove e quando se ne ravvisasse la necessità.”